Beranda
Seputar Publik / Opini

Pajak Instansi Pemerintah, Hal Krusial yang Wajib Bendahara Kuasai!

Oleh : Indarto Joko Suryono

Seputar Publik.com, -- Menurut Pasal 1 angka 33 Peraturan Menteri Keuangan Nomor 81 tahun 2024 (PMK 81/2024) Instansi Pemerintah adalah instansi pemerintah pusat, instansi pemerintah daerah, dan instansi pemerintah desa, yang melaksanakan kegiatan pemerintahan serta memiliki kewenangan dan tanggung jawab penggunaan anggaran. Instansi Pemerintah yang menerima alokasi dana Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN), Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD), Anggaran Pendapatan dan Belanja Desa (APB Desa), mempunyai kewajiban untuk mengelola dana tersebut secara tertib dan bertanggung jawab. Salah satu cara untuk mempertanggungjawabkan pengelolaan dana-dana tersebut adalah dengan cara menyelenggarakan akuntansi dan menyusun laporan keuangan sesuai standar akuntansi pemerintahan dan mematuhi kewajiban perpajakan yang melekat pada penggunaan dana-dana tersebut.

Instansi Pemerintah sebagai pengelola dana APBN/APBD/APB Desa harus turut serta dalam meningkatkan pertumbuhan ekonomi. Hal tersebut dapat dilakukan dengan mematuhi kewajiban perpajakannya.

Apa saja kewajiban perpajakan Instansi Pemerintah?

Sebagai pengelola APBN, APBD, dan APB Des Instansi Pemerintah mempunyai kewajiban perpajakan sebagai berikut:

Wajib mendaftarkan diri untuk mendapatkan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) pada Kantor Pelayanan Pajak (KPP) atau Kantor Pelayanan, Penyuluhan, dan Konsultasi Perpajakn (KP2KP) yang wilayah kerjanya meliputi tempat kedudukan Instansi Pemerintah menurut keadaan yang sebenarnya, yang diajukan oleh:

untuk pemerintah pusat: kepala Instansi Pemerintah Pusat, KPA, atau pejabat yang melaksanakan fungsi tata usaha keuangan;

untuk pemerintah daerah: kepala Instansi Pemerintah Daerah atau pejabat yang melaksanakan fungsi tata usaha keuangan;

untuk pemerintah desa: kepala desa atau perangkat desa yang melaksanakan pengelolaan keuangan desa berdasarkan keputusan kepala desa.

Kewajiban untuk mendaftarkan diri dilakukan paling lambat sebelum melakukan pemotongan dan/atau pemungutan pajak.

Menurut Pasal 16 Ayat (6) Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor 7 Tahun 2025 Instansi pemerintah yang dapat diterbitkan NPWP adalah satuan kerja (satker) yang mempunyai Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) atau Dokumen Pelaksanaan Anggaran (DPA) dan memiliki Kuasa Pengguna Anggaran (KPA). Jika tidak memenuhi syarat tersebut, maka satker tidak dapat diberikan NPWP Instansi Pemerintah, melainkan diberikan nomor identitas subunit melalui instansi diatasnya.

Wajib melaporkan usahanya untuk dikukuhkan sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP) bagi Instansi Pemerintah yang melakukan penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) dan/ atau Jasa Kena Pajak (JKP) kecuali pengusaha kecil sesuai ketentuan Peraturan Menteri Keuangan (PMK) yang mengatur mengenai batasan pengusaha kecil, dengan menyampaikan permohonan kepada KPP atau KP2KP yang wilayah kerjanya meliputi tempat kedudukan dan/ atau tempat kegiatan usaha Instansi Pemerintah.

Wajib memotong/memungut pajak atas setiap pembayaran objek pemotongan/pemungutan Pajak Penghasilan (PPh) dan harus membuat bukti pemotongan/pemungutan untuk jenis pajak PPh Pasal 4 Ayat 2, PPh Pasal 15, PPh Pasal 21, PPh Pasal 22, PPh Pasal 23, dan PPh Pasal 26.

Dikecualikan dari pemungutan Pajak Penghasilan Pasal 22 oleh Instansi Pemerintah adalah:

pembayaran yang jumlahnya paling banyak Rp 2.000.000,00 (dua juta rupiah) tidak termasuk Pajak Pertambahan Nilai dan bukan merupakan pembayaran yang dipecah dari suatu transaksi yang nilai sebenarnya lebih dari Rp 2.000.000,00 (dua juta rupiah);

pembayaran atas pembelian barang yang dilakukan dengan menggunakan kartu kredit Instansi Pemerintah; 

pembayaran untuk pembelian bahan bakar minyak, bahan bakar gas, pelumas, benda pos atau pemakaian air dan listrik; 

pembayaran untuk pembelian barang sehubungan dengan penggunaan dana bantuan operasional sekolah, bantuan operasional penyelenggaraan pendidikan anak usia dini, atau bantuan operasional penyelenggaraan pendidikan lainnya, sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang pendidikan;

pembayaran untuk pembelian gabah dan/ atau beras;

pembayaran kepada rekanan pemerintah yang memiliki dan menyerahkan salinan surat keterangan yang menerangkan bahwa Wajib Pajak dikenai Pajak Penghasilan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang mengatur mengenai Pajak Penghasilan atas penghasilan dari usaha yang diterima atau diperoleh Wajib Pajak yang memiliki peredaran bruto tertentu;

pembayaran kepada rekanan pemerintah yang dapat menyerahkan salinan surat keterangan bebas pemotongan dan/atau pemungutan Pajak Penghasilan sesuai dengan ketentuan peraturan perundangundangan yang mengatur mengenai tata cara pengajuan permohonan pembebasan dari pemotongan dan/atau pemungutan Pajak Penghasilan; atau

pembayaran dengan mekanisme Uang Persediaan atas pembelian barang yang dilakukan melalui Pihak Lain dalam sistem administrasi pengadaan pemerintah, yang telah dipungut Pajak Penghasilan Pasal 22 oleh Pihak Lain;

Wajib memungut Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas setiap pembayaran atas penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) dan Jasa Kena Pajak (JKP). Bagi PKP Instansi Pemerintah yang melakukan penyerahan BKP/JKP, wajib membuat Faktur Pajak atas penyerahan tersebut.

PPN tidak dipungut oleh Instansi Pemerintah apabila:

pembayaran yang jumlahnya paling banyak Rp2.000.000,00 (dua juta rupiah) tidak termasuk jumlah PPN atau PPN dan PPnBM yang terutang, dan bukan merupakan pembayaran yang dipecah dari suatu transaksi yang nilai sebenarnya lebih dari Rp2.000.000,00 (duanjuta rupiah);

pembayaran dengan kartu kredit pemerintah atas belanja Instansi Pemerintah Pusat sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan yang mengatur mengenai tata cara pembayaran dan penggunaan kartu kredit pemerintah;

pembayaran untuk pengadaan tanah;

pembelian BBM & bahan bakar bukan minyak oleh PT Pertamina (Persero) dan/atau anak usaha PT Pertamina (Persero) yang meliputi PT Pertamina Patra Niaga, PT Kilang Pertamina Internasional, dan PT Elnusa Pertrofin;

pembayaran atas penyerahan jasa telekomunikasi oleh perusahaan telekomunikasi;

pembayaran atas jasa angkutan udara yang diserahkan oleh perusahaan penerbangan; dan/ atau pembayaran atas penyerahan Barang Kena Pajak dan atau Jasa Kena Pajak yang menurut ketentuan perundang-undangan di bidang perpajakan, mendapat fasilitas PPN tidak dipungut atau dibebaskan dari pengenaan PPN;

pembayaran dengan mekanisme Uang Persediaan yang dilakukan melalui Pihak Lain dalam Sistem Informasi Pengadaan.

Wajib menyetor PPh dan PPN atau PPN dan PPnBM yang telah dipotong dan/ atau dipungut.

Bagi Instansi Pemerintah Pusat dan Instansi Pemerintah Daerah:

paling lama 7 (tujuh) hari setelah tanggal pelaksanaan pembayaran dengan mekanisme Uang Persediaan sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan; atau 

pada hari yang sama dengan pelaksanaan pembayaran dengan mekanisme Langsung sesum ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan.

Bagi Instansi Pemerintah Desa:

wajib menyetorkan PPh dan PPN atau PPN dan PPnBM yang telah dipotong danjatau dipungut paling lama tanggal10 (sepuluh) bulan berikutnya setelah pelaksanaan pembayaran.

Bagi PKP Instansi Pemerintah:

wajib menyetorkan PPN yang terutang dalam satu Masa Pajak paling lama akhir bulan berikutnya setelah Masa Pajak berakhir dan sebelum Surat Pemberitahuan Masa PPN disampaikan.

Wajib melaporkan pemotongan dan/atau pemungutan serta penyetoran pajak yang dilakukan dalam satu Masa Pajak ke KPP tempat Instansi Pemerintah terdaftar menggunakan Surat Pemberitahuan (SPT) Masa paling lama 20 (dua puluh) hari setelah Masa Pajak berakhir untuk SPT Masa PPh dan PPN. Sedangkan untuk PKP Instansi Pemerintah, pelaporan Surat Pemberitahuan Masa PPN dilakukan paling lama akhir bulan berikutnya setelah Masa Pajak berakhir.

Itulah enam kewajiban perpajakan Instansi Pemerintah yang harus diketahui dan wajib dipatuhi. Dengan mengelola dana APBN, APBD, dan APB Des secara benar dan transaparan, termasuk di dalamnya melakukan kewajiban perpajakan secara tertib, maka Instansi Pemerintah telah berperan aktif dalam memajukan perekonomian nasional.

Penulis : Indarto Joko Suryono, "Penyuluh Pajak KPP Pratama Waingapu.