Namun, hikmah terbesar di penjara yang dialami Bung Tomo adalah merasakan kedekatan dengan Tuhan. “Sembahyang di Nirbaya rasanya lebih tenang dan mantap,” kata Bung Tomo.

Penghuni Nirbaya menganggap Bung Tomo aneh. Dia dikira cengeng karena suka menangis. Terutama ketika bendera Merah Putih dikibarkan di halaman Nirbaya pada peringatan 17 Agustus 1978. “Bendera itu bikinan istri saya sendiri,” kata Bung Tomo. Setelah itu, setiap kali bendera itu dikerek, Bung Tomo mengambil sikap hormat dari kamar tahanannya.

Bersama Bung Tomo, dua tokoh lagi yang dipenjara adalah Prof. Ismail Sunny, ahli hukum tatanegara dan rektor Universitas Muhammadiyah; dan Mahbub Djunaidi, tokoh pers, kolumnis, penerjemah, politikus Nahdlatul Ulama, dan wakil Sekjen PPP. Mahbub harus berbaring selama sebelas bulan di RS Gatot Subroto karena menderita darah tinggi.