Yudi Latif dalam Mata Air Keteladanan: Pancasila dalam Perbuatan mencatat bahwa ketika Orde Baru berkuasa, Bung Tomo sering mengkritik kebijakan pemerintah. Bung Tomo menilai pemerintahan Orde Baru korup dan menyalahgunakan kekuasaan. Pernyataan-pernyataan Bung Tomo dalam berbagai kesempatan dianggap menghasut mahasiswa yang pada tahun 1978 melakukan penetrasi besar-besaran. Bung Tomo juga mengkritik kongkalikongnya penguasa dan pengusaha serta penguasa sipil dan militer.

“Berbagai kritik yang dipandang mengganggu stabilitas nasional yang mantap dan dinamis itu membawa Bung Tomo ke penjara pada 11 April 1978,” tulis Yudi.

Bung Tomo tidak memandang penjara sebagai sumber penderitaan. Tidak khawatir saat keluar dari penjara tubuhnya lebih gemuk. "Habis, di sini makan melulu. Lagi pula ada larangan dokter untuk senam," kata Bung Tomo dikutip Tempo, 14 April 1979.