Namun, membangun arsitektur kebijakan terintegrasi bukanlah pekerjaan mudah. Tantangan utama terletak pada resistensi birokrasi, ego sektoral, serta perbedaan kepentingan antar lembaga. Dalam banyak kasus, reformasi birokrasi seringkali terhambat oleh budaya organisasi yang masih hierarkis dan kurang kolaboratif. Oleh karena itu, dibutuhkan kepemimpinan yang kuat dan konsisten untuk mendorong perubahan paradigma dari silo mentality menuju collaborative governance.

Selain itu, aspek digitalisasi menjadi faktor penting dalam mendukung integrasi kebijakan. Penguatan sistem pemerintahan berbasis elektronik (SPBE) dapat menjadi enabler utama dalam menyatukan data, mempercepat pengambilan keputusan, serta meningkatkan transparansi dan akuntabilitas. Tanpa dukungan infrastruktur digital yang memadai, arsitektur kebijakan terintegrasi berpotensi menjadi sekadar konsep normatif tanpa implementasi yang nyata.

Di sisi lain, penting pula memastikan bahwa integrasi kebijakan tidak mengorbankan fleksibilitas daerah.

Dalam sistem desentralisasi seperti Indonesia, pemerintah daerah memiliki otonomi dalam mengelola urusan pemerintahan. Oleh karena itu, arsitektur kebijakan harus dirancang dengan prinsip adaptive governance, yang memungkinkan penyesuaian kebijakan sesuai dengan konteks lokal, tanpa kehilangan arah strategis nasional.

Lebih jauh, keberhasilan arsitektur kebijakan terintegrasi juga bergantung pada sistem evaluasi yang berbasis kinerja.